Das WHG gilt für oberirdische Binnengewässer, Küstengewässer und Grundwasser. Das Gesetz regelt keine Fragen, die mit der Rolle des Gewässers als Schifffahrtsstraße zusammenhängen. Das WHG regelt sowohl die Nutzung als auch den Schutz der Gewässer. Dabei wird zum einen der Schutz des Wassers in seiner Funktion als Trink- und Brauchwasser sowie als Lebensraum für Flora und Fauna geregelt. Darüber hinaus wird auch der Schutz vor Hochwasserereignissen geregelt.

Sollten Konflikte zwischen Nutzungen und Schutzerfordernissen bestehen muss im Einzelfall durch die zuständigen Behörden entschieden werden. Die wichtigsten Nutzungen sind nach § 3 die Wasserentnahme, das Einbringen und Einleiten von Stoffen in Oberflächengewässer, das Aufstauen und Absenken von Oberflächengewässern, das Entnehmen, Zutagefördern und Ableiten von Grundwasser sowie das Einleiten von Stoffen in das Grundwasser. Für diese Nutzungen werden befristete Erlaubnisse und Bewilligungen erteilt, oft unter bestimmten Auflagen und Bedingungen.

Auch Ausbau- und Unterhaltungsmaßnahmen sind z.T. berücksichtigt. So regelt § 28 z.B. den Umfang von Unterhaltungsarbeiten, § 31 hingegen den Gewässerausbau. Demnach sollen Gewässer, die sich in einem natürlichen oder naturnahen Zustand befinden in diesem Zustand erhalten bleiben, während ehemals natürliche ausgebaute Gewässer nach Möglichkeit wieder in einen naturnahen Zustand zurückgeführt werden sollen.

Bei einer wesentlichen Umgestaltung des Gewässers wird ein Planfeststellungsverfahren erforderlich einschließlich einer Umweltverträglichkeitsstudie. Sollte diese ergeben, dass nach § 1 des UVPG keine Schutzgüter betroffen sind reicht ein Plangenehmigungsverfahren aus.