Die Flora-Fauna-Habitat Richtlinie ist eine Naturschutz-Richtlinie der EU, die seit 1992 existiert. Die korrekte deutsche Bezeichnung der FFH-Richtlinie lautet "Richtlinie 92/43/EWG zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen". Mit der Richtlinie werden 2 Strategien verfolgt: Für bestimmte Arten und Lebensräume werden FFH-Schutzgebiete ausgewiesen (Gebietsschutz). Diese bilden zusammen mit den Gebieten der Vogelschutzrichtlinie das Netzwerk Natura 2000. Andere Arten sind durch direkte Bestimmungen flächendeckend geschützt - unabhängig davon, ob sie sich in einem Schutzgebiet befinden (Artenschutz).
Ziele der FFH - Richtlinie sind die Sicherung und der Schutz von wildlebenden Arten, ihrer Lebensräume und die europaweite Vernetzung dieser Lebensräume. Durch die Vernetzung kann eine (Wieder-)Herstellung und Entwicklung der ökologischen Wechselbeziehungen erreicht und die natürliche Ausbreitung- und Wiederbesiedlung gefördert werden. Vor diesem Hintergrund wurden große Gebiete entlang der Tideelbe als Natura 2000-Flächen gemeldet.
Dabei spielt die Vernetzung einzelner Schutzgebiete eine wichtige Rolle. Erst im Natura 2000 Netzwerk wird der genetische Austausch verschiedener Populationen der wildlebenden Tier- und Pflanzenarten ermöglicht. Durch sich verändernde Standortbedingungen in einzelnen Schutzgebieten (z.B. infolge des Klimawandels), ist die Förderung der natürlichen Ausbreitungs- und Wanderprozesse von Tieren und Pflanzen von großer Bedeutung, um ihr Überleben zu sichern und damit auch die biologische Vielfalt zu erhalten. Anders dagegen wird beim Artenschutz verfahren. Dazu werden in Anhang IV der FFH-Richtlinie die direkt geschützten Arten aufgelistet. Um diese Arten zu schützen ist das absichtliche Stören, Fangen oder Töten sowie der Handel mit diesen Arten verboten, egal ob sie außer- oder innerhalb von Schutzgebieten auftreten. Zusätzlich sind ihre die Fortpflanzungs- und Ruhestätten unbedingt zu schützen.
Der Prozess der Ausweisung von FFH-Gebieten gliedert sich in drei Phasen. Die Meldephase ist mittlerweile weitestgehend abgeschlossen. In dieser ersten Phase wurden Gebiete ausgewählt, die den in der FFH-Richtlinie festgelegten fachlichen Kriterien entsprechen. Die Vorschläge wurden dann an die Europäischen Kommission weitergeleitet. Diese Vorschläge werden dann in der zweiten Phase auf EU Ebene bewertet. In dem Zuge wird eine Liste von "Gebieten gemeinschaftlicher Bedeutung" festgelegt. Teilweise kann es erforderlich werden, dass einzelne Gebiete noch nachgemeldet werden müssen. In einer dritten und letzten Phase müssen die ausgewählten Gebiete durch die Mitgliedstaaten dann so schnell wie möglich (max. 6 Jahre) als "besondere Schutzgebiete" ausgewiesen werden.

