Nachfolgend sind die wesentlichen Veränderungen entlang der Tideelbe mit ihren möglichen Auswirkungen auf das Gesamtsystem beschrieben.
Bereits im 12. Jahrhundert wurden weite Teile der Elbmarsch eingedeicht, um landwirtschaftlich nutzbare Flächen und Siedlungsraum zu gewinnen. Die natürliche Anpassung des
Ästuars an den steigenden Meeresspiegel wird seitdem behindert, da die Elbmarsch nicht länger durch
Sedimentation auf der gesamten Elbtalbreite mitwachsen kann. Gleichzeitig fallen auch die Sturmflutscheitel höher aus, so dass über die Jahrhunderte hinweg die Deichlinien weiter erhöht und verkürzt wurden. Nach der schweren
Sturmflut 1962 wurden zusätzlich viele der Nebenflüsse durch Sperrwerke von der Elbe abgetrennt und weitere Vorländer eingedeicht, so dass auch diese Flächen seither nicht mehr als Überflutungsraum zur Verfügung stehen. Dies führt weiterhin dazu, dass sich das in der Elbe bewegte Sedimentinventar nur noch auf einem Bruchteil der früher zur Verfügung stehenden Flächen ablagern kann.
Zudem blickt die Tideelbe auf eine weitreichende geschichtliche Entwicklung als bedeutende Schifffahrtsstraße zurück. Um die Zugänglichkeit für Schiffe zu den Häfen entlang der Tideelbe zu ermöglichen, wurde diese mehrfach an die stetig größer werdenden Schiffe angepasst.