Die Schadstoffbelastung der Elbe ist seit den 1970er Jahren gut bekannt. Während zu dieser Zeit in Westdeutschland weit reichende Abwasserreinigungsmaßnahmen getroffen wurden, existierten derartige Anlagen in der DDR und der CSSR nur sehr unzureichend oder gar nicht. Teilweise wurden sogar Abfälle direkt in Flussauen gekippt. Im Gefolge der politischen Wende 1989 wurden mit Milliardenaufwand Kläranlagen gebaut.

Wenn sich auch die Schadstoffsituation seitdem ganz erheblich verbessert hat, können doch Altlasten und Altsedimente immer noch eine Quelle für Schadstoffverfrachtungen sein. Deshalb befindet sich die Schadstoffbelastung der Sedimente im Bereich der Tideelbe noch nicht auf einem guten Niveau.

Im Rahmen einer von der HPA beauftragten und von der Flussgebietsgemeinschaft Elbe (FGG Elbe) unterstützten Studie des Beratungszentrums für Integriertes Sedimentmanagement (BIS) an der Technischen Universität Hamburg-Harburg (TUHH) wurden Untersuchungen zum Belastungspotential entlang der Elbe durchgeführt. Auf Grundlage vorhandener Daten werden Risiken durch partikelgebundene Schadstoffe im Elbeeinzugsgebiet in Bezug auf verschiedene Bewirtschaftungsziele, wie Landwirtschaft, Ökologie und Umgang mit Baggergut, bestimmt. Weiter werden Gebiete im deutschen Elbegebiet identifiziert von denen ein Risiko in Bezug auf diese Ziele ausgeht.

Auch im Hamburger Hafen gibt es immer noch Bereiche, in denen die Sedimente eine so hohe Belastung aufweisen, dass sie, wenn sie gebaggert werden, aus dem Gewässer entnommen und an Land behandelt und deponiert werden müssen.

Seit vielen Jahren betreibt die HPA die Behandlungsanlage METHA und die Schlickhügel, um belastete Elbesedimente umweltsicher unterzubringen. So werden Jahr für Jahr 1,2 Mio. m³ entsorgt, die Kosten dafür betragen rund 36 Mio. Euro.